高淳区工业上拥有红太阳集团、红宝丽公司、高陶公司等3家本土上市公司。高淳还是省“建筑强县”、“中国建筑之乡”，拥有一级资质企业21家，从业人员5万多人；造船水运业享有“中华民间造船水运第一县”的美称，全区在运船舶1000多艘208万吨位，以造船水运业著称的武家嘴村被誉为“中国民间造船水运第一村”。

　　药业化工：全区共有药业化工企业48家，市级以上高新技术企业9家，其中红太阳集团公司为国家级高新技术企业。拥有高新技术产品25个，省级名牌产品12个，市级名牌产品4个。年销售收入超过1000万元的企业13家，其中超亿元的3家，超30亿元的1家。该产业主要以生物农药、制剂药及药业中间体和一些精细化工产品为主，主要产品有高效杀虫剂、麻黄素、补钙药、树脂、消防药剂、邻氯苯胺系列、异丙醇胺等。

　　机械电子：机械电子是高淳的传统产业，全区共有机械电子企业189家，市级以上高新技术企业6家，其中高淳纺织机械有限公司为国家级高新技术企业。高新技术产品8个，省级名牌产品1个，市级名牌产品4个。年销售收入过亿元的有2家。主要产品有剑杆织机、热交换器、超高压数控万能水切割机、汽车配件、管道法兰、机油泵、农机配件、分析仪器、电光源制品、线路板、复录机等。

　　新型材料：全区从事新型材料企业62家，市级以上高新技术企业4家，其中南京红宝丽股份有限公司为国家级高新技术企业。高新技术产品5个，省级名牌产品2个，市级名牌产品3个。销售收入超亿元的企业有3家。主要产品包括日用陶瓷、蜂窝陶瓷载体、组合聚醚系列产品、橡塑制品、轻质碳酸钙、水泥等。

　　出口服装：服装业是高淳的传统产业，也是新兴产业，全区现有出口服装企业180家，全行业从业人员达1.3万人以上。销售收入千万元以上的企业有10多家，亿元以上企业2家。创市名牌产品1个。产品以夹克衫、羽绒服、衬衫、牛仔服、童装等为主，远销日本、美国、韩国、澳大利亚、欧盟、香港等二十多个国家和地区，年加工各类出口服装4000多万件（套）。

　　绿色食品：全行业有85家企业，年销售收入超千万元的有6家，超亿元的有2家。其主要产品有脱水果蔬、食用植物油、肉类食品、冷冻食品、豆制品、饮料、有机茶等近60多个品种。11个产品获得绿色食品标志，1个产品获得有机食品标志。创国家级绿色食品标志产品2个，省级名牌产品1个，省著名商标1个，市级著名商标1个，市级名牌产品3个。

　　2012年，高淳区全社会工业总产值854.06亿元，比上年增长24.1%，主营业务收入852.51亿元，比上年增长24.1%，工业利润48.69亿元，比上年增长13.8%。其中：规模以上工业企业完成产值611.49亿元，主营业务收入617.98亿元、利润43.88亿元，分别比上年增长22.9%、21.4%、11.8%。万元工业增加值综合能耗继续得到有效控制，每万元工业增加值0.165吨标煤，比上年下降7.0%。

　　2017年12月，高淳区入选中国工业百强区。