主要医院：南京市高淳中医院、南京市高淳人民医院、高淳区精神病防治院、高淳区妇幼保健所。

　　截至2011年，建成投入使用高淳区人民医院新区医院和阳江中心卫生院，完成35个村卫生室的新、改建。截止2011年末，全区共有医院16个，卫生院9个，社区卫生服务中心1个。实有床位1418张，共有卫生技术人员1577人，其中：医生523人。全年诊疗总数为133.6万人次。农村新型合作医疗行政村覆盖率达100%，参加人数达31.4万人，参保率为100%。全区新农合累计报销73.49万人次，报销金额9905.60万元。2019年8月，入选为紧密型县域医共体建设试点县。