截至2018年底，高淳区境内有南京内河港高淳港区一个港区。高淳区内航道里程161.42千米，其中等级航道83.42千米：芜太运河五级航道57.47千米，水阳江六级航道9.54千米，秦淮河航道高淳段12.91千米；秦淮河蛇武支线六级航道3.5千米。等外级航道78千米：桠溪河6.5千米，高花航线3千米，永胜河6.0千米，狮树河10千米，西舍港航线1千米，漆桥河12.5千米，花固航线2.5千米，港口河10千米，漕塘河6.0千米，河城河4.5千米，沛桥河3.5千米，石固河12.5千米。